Österliches Moinmoin!
Tja, da schließe ich mich @flip gewiss an: Ich war (und bin) überzeugt, sauber wissenschaftlich gearbeitet und zitiert bzw. Quellen kenntlich gemacht zu haben. Ich habe 2007 mit dem Promotionsprojekt begonnen, und da gab es (in den Geisteswissenschaften) diese medien-/öffentlichkeitswirksame und in vielen Aspekten zu begrüßende Plagiatsdiskussion in der Nach-Guttenberg-Ära in dieser Form noch nicht. Entsprechende Software war in meinem Fach überhaupt kein Thema. Und ich wäre auch nie auf die Idee gekommen, dieser zu bedürfen.
So, jetzt aber genug moralisch und (aus TiSchus Sicht sicher sehr) unsympathisch rumgefaselt -- nun verständnisvolle und hoffentlich konstruktive (wenn auch ungemütliche) Hilfe:
Als es dann zur Verlagsveröffentlichung ging, für die ich kürzen sollte und mein Manuskript überarbeiten wollte, merkte ich, dass ich z.B. in einem Zitat mal ein Wort versehentlich und völlig unbewusst/automatisch vertauscht habe (etwa im Kaliber: statt "dennoch" habe ich "jedoch" geschrieben oder statt "Möglichkeit" dann "Möglichkeiten" -- nix Schlimmes!). Zudem habe ich dann auch mal ne falsche Seitenangabe in meinen Fußnoten gefunden. Und plötzlich stürzten die ganze Welt und mein mehr als 30 Jahre lang aufgebautes Selbstkonzept zusammen! Ich hatte diese Fehler ja nur aus Zufall gefunden und hatte nun Angst, viele Male Unsauberes verzapft zu haben. Dabei gehören zu meinen (wiss.) Charakterzügen eher so uncoole Attribute wie "pendantisch", "akribisch", "perfektionistisch"... Ich war von mir selbst entsetzt (an alle, die mich jetzt für fürchterlich hysterisch halten und mich überhaupt nicht verstehen: Doch, für mich persönlich war das furchtbar, weil ich total verunsichert, irritiert und abgefuckt angenervt war, weil ich (berufstätig) die Überarbeitung und die Publikation einfach nur noch hinter mich und das anstrengende, strapaziöse Lebenskapitel "Diss" abschließen wollte).
Was ich damit sagen will: Ja, es können sich in den vielen Jahren versehentliche Fehler einschleichen. Aber wie man aus Versehen plagiiert, ist mir ziemlich rätselhaft. Das könnte ich für mich (so gut wie) komplett ausschließen. Dennoch könnte es ja, @TiSchu, in Deinem Fach anders aussehen.
Was habe ich gemacht? Ich habe tatsächlich die Arschbacken zusammengekniffen und die mehr als 2.500 Fußnoten (!!) alle durchgeschaut und die wörtlichen Zitate (auf etwa 650 Seiten!!) im Wortlaut gecheckt, musste etliche Kopien und Zeitschriften durchwälzen,Bücher wieder organisieren, googlebooks und libreka durchpflügen usw. (Ach so, die publizierte Variante ist um ein Drittel geschrumpft

-- nur so zur Ehrenrettung).
Moral von der G'schicht: Diese Variante ist nur für Freaks zu empfehlen, aber es hat sich gelohnt, denn ich kann beruhigt schlafen und habe mich in den letzten drei, vier Jahren auch zunehmend davon erholt. Keine Software der Welt kann so zuverlässig arbeiten wie man selbst! @TiSchu, die einzig bombensichere Methode ist: alles durchchecken, alle Quellen erneut besorgen, alles gegenprüfen. Deine Arbeit wird hundertpro kürzer sein als meine
Wenn ich heute noch mal promovieren würde/müsste, dann würde ich von vorneherein so ekelig pingelig sauber arbeiten, exzerpieren, Seiten notieren, dass Fehler ausgeschlossen sind und dieser Überarbeitungshölle vorgebeugt wird (liebe Schreibende, seid pingelig!

). So halbpingelig zu arbeiten und dann abschließend mit Plagiatssoftware absegnen (ausbügeln) lassen wollen, geht eben nicht. Software kann das (noch) nicht.
Das war mein Wort zum Ostermontag, das ich abschließen möchte mit einem herzlichen Motivations- und Bestärkungsappell @TiSchu: Du hast es fast geschafft! Halte durch, nur noch ein paar Meter! Wenn Du es nervlich aushältst, geh Deine gesamte Arbeit, Deine Zitate und Quellenangaben durch -- dann kannst Du zu hundert Prozent sicher und beruhigt sein.
LG Traudel