Ich unterschreibe ebenfalls den Tipp mit LaTeX. Es ist im Vergleich hinten raus so viel einfacher und wird dir Arbeit sparen.
Ist absehbar, dass Du über die Jahre hinweg an mehreren Rechnern/Orten arbeiten wirst? Ich persönlich würde mich auf mobiles Arbeiten einstellen bzw. schätze es sehr - vll. bist Du mal in der einen Bibliothek, mal in der anderen, nutzt einen Bibliotheksrechner weil Du deinen Laptop nicht dabei hast, an anderen Tagen deinen Uni-PC, deinen Privat-PC, vll. weitere Geräte (Tablet, Laptop) etc. Im Idealfall findest Du ein Setup, dass es dir ermöglicht, überall deine Materialien vorliegen zu haben und nahtlos weiterzumachen und keine doppelten Arbeitsschritte zu haben (und als Bonus vll. auch ein rechnerunabhängiges Backup deiner Daten).
Citavi und Zotero syncen z.b. die Literatur auch via deren Server und Du kannst total flexibel arbeiten. Die Literatur, deine Markierungen und Notizen zur Literatur hast Du so immer dabei. Manchmal lassen sich Schreibsoftware und Literaturmanager auch verknüpfen, dann ist es noch besser. Ich persönlich arbeite komplett mobil mit Zotero (inkl. Plugin "Better BibTeX for Zotero") und Overleaf (quasi LaTeX Dokumente in der Cloud) und beides miteinander verknüpft via Overleaf-Bezahlversion. Ich empfinde das Setup als sehr flexibel und komplikationslos. Grundsätzlich muss man ein bisschen Lust und Nerven haben sich einzuarbeiten. Nachteilig habe ich das Setup über die Jahre hinweg nur empfunden, wenn man mit Personen zusammenarbeiten muss, die überhaupt nix dafür übrig haben und Word-Dateien hin und herschicken etc. Dann hat man selbst etwas mehr Arbeit. Und für Overleaf braucht man generell zwingend Netzzugang und kann nicht offline arbeiten.
Wenn LaTeX nix ist und Du z.B. immer nur an deinem Bürorechner arbeiten willst, kann man das natürlich auch alles viel simpler aufziehen...
Jüngst habe ich öfters gelesen/gehört, dass man zur Ideenentwicklung und -weiterentwicklung seine (digitalen) Notizen mit Mindmapping-Software verknüpfen/nutzen kann und das sehr produktiv sein soll. Quasi eine Mindmap mit deinen Notizen, Auszügen davon, Literatur etc. Beispiele für Software sind Obsidian oder Liquidnote (ebenfalls in der Cloud und ebenfalls mit, in dem Fall, Zotero verknüfbar). Das habe ich aber noch nie getestet.
Neben Software würde ich jetzt über deine Prozesse nachdenken:
Du wirst sehr sehr viel lesen. Entwickle ein System (Software sowie inhaltich) für Notizen und Exzerpte und nutze es kontinuierlich. Dann bist Du 2026 sehr dankbar über deine Gedanken und Notizen zum Text aus 2024 und musst diesen im Idealfall gar nicht mehr anfassen oder nochmal lesen. Gründliche Arbeit und Dokumentation ab sofort werden dir hinten raus sehr viel Freude machen

Im Idealfall kannst Du auch überlegen und entscheiden, wie Du deine Gedanken über die Jahre hinweg schriftlich organisieren und verknüfen willst/wirst. Die Zettelkasten-Methode ist da so ein Klassiker. (Vll. auch irgendwie online abbildbar, je nach Setup?)
Auf jeden Fall ist die jetzt investierte Zeit gold wert! Halte jetzte kurz inne, teste vll. verschiedene Setups und triff dann eine Entscheidung. Setze alles auf (Vorlagen, Ordner, Plattformen etc.). Und ganz wichtig: Halte dein Setup danach konsistent. Mit dem technischen Setup auf dem Weg umziehen ist einfach nur nervig und kostet Zeit, Nerven und wenn es blöd läuft auch (dokumentiertes) Wissen.
Viel Erfolg!